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RiceSNP50将会在功能基因组研究发挥重要作用

2013-10-20 22:11 阅读:1945 来源:生物通 责任编辑:旷照进
[导读] 作为全球知名的华人科学家,邓兴旺教授今年上半年新当选为美国国家科学院院士,同时其研究组也获得了不少重要的新成果,如去年年初他曾与清华大学施一公教授等共同解析了植物拟南芥感受紫外线B波段光受体UVR8的晶体结构.近期邓兴旺教授研究组又接连发表PNAS等

  作为全球知名的华人科学家,邓兴旺教授今年上半年新当选为美国国家科学院院士,同时其研究组也获得了不少重要的新成果,如去年年初他曾与清华大学施一公教授等共同解析了植物拟南芥感受紫外线B波段光受体UVR8的晶体结构.近期邓兴旺教授研究组又接连发表PNAS等杂志论文,取得了拟南芥UV-B光信号转导,以及水稻高密度SNP基因分型研究新成果.

  第一篇文章:A High Density SNP Genotyping Array for Rice Biology and Molecular Breeding由邓兴旺教授,张启发教授等人合作完成,分析测评了一种高密度SNP基因分型芯片分析技术,指出这种技术未来将会在功能基因组研究和分子育种中发挥重要作用.

  高密度单核苷酸多态性(SNP)分析对于遗传学家和分子育种学家来说十分重要,随着大量的基因组测序数据,以及精确SNP检测技术的积累发展,目前已经实现了水稻高质量高密度SNP芯片分析.

  在这篇文章中,研究人员报道了一种高密度水稻SNP芯片分析及其应用的发展.他们通过筛选来自801种水稻品种重测序数据中超过1000万个SNP位点,利用Illumina的Infinium平台中一种称为RiceSNP50的芯片进行分析.这种芯片共有51,478个均匀分布的标记,其中68%存在于基因区域内.

  实验结果表明芯片基因分型准确率高,应用方面广泛,比如可以用于高分辨率收集优质水稻品种核心种质.同时研究人员通过全基因组关联研究(GWAS)也准确识别出了一个特征QTL.此外,这一芯片也被成功地用于多种验证和特质分析过程.

  这些研究结果表明RiceSNP50是一种精确高通量基因分型工具,未来将会在功能基因组研究和分子育种中发挥重要作用.


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