医院获得性肺炎的治疗通常是经验性的,取决于患者的临床表现。起初的选择是根据某些临床因素如免疫抑制,中性粒细胞缺乏,既往应用的抗生素,机械通气;疾病的严重程度和进展情况;实验室检查的初步结果(如革兰染色,抗酸杆菌染色,军团菌直接荧光抗体检查等)。通常不建议使用用于治疗社区获得性肺炎的氨苄青霉素、青霉素和二代头孢菌素。危重病患者医院获得性肺炎的经验性治疗必须覆盖表2中的致病菌,因而需要使用广谱抗生素(如三代头孢菌素、广谱青霉素、碳青霉烯类、单胺类或喹诺酮类抗生素)。如怀疑有军团菌感染,应加用红霉素。有研究表明,若患者发生医院获得性肺炎时已接受抗生素治则致病菌多为铜绿假单胞菌和不动杆菌(65%),病死率为83%,若未接受抗生素治疗,这两种致病菌仅占19%,病死率仅为48%。由此可见,正确选择应用抗生素的种类和时机对于患者的预后有相当程度的影响。
60%~90%由肠杆菌科细菌(如铜绿假单胞菌)引起肺部感染的患者,单独使用三代头孢菌素(如头孢他啶和头孢哌酮)获得了满意的效果。尽管如此,因为上述药物对厌氧菌和革兰阳性球菌尤其是葡萄球菌的作用较差,所以在临床上仍然不单独使用。推荐治疗初期在致病菌尚不明确时加用氨基糖甙类抗生素。

氨基糖甙类抗生素宜采用每日给药一次方式,抗菌活性起效快抗菌效果相似,毒副作用较少，在少数患者为避免氨基糖甙类抗生素的毒性作用,改用氨曲南,其二重感染和肾毒性的发生率均有明显降低亚胺硫霉素一西司它丁钠对绝大多数医院获得性肺炎的致病菌包括铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、肠杆菌科细菌和厌氧菌均有较强的体外活性,因而优于三代头孢菌素,但是问题在于耐药性的产生。加用氨基糖甙类抗生素可避免耐药性的出现。羧噻吩青霉素一棒酸对葡萄球菌、铜绿假单胞菌和其它革兰阴性杆菌以及厌氧菌有效。其抗厌氧菌的作用与亚胺硫霉素相似。但当铜绿假单胞菌可能是致病菌时于,建议合用氨基糖甙类抗生素喹诺酮类抗生素在临床应用的经验不多。尽管环丙氟哌酸和头孢他啶对实验菌株的**相似,且在肺内的浓度也差不多,但因前者是剂量依赖性,所以杀菌作用起效更快。细菌感染后24小时使用环丙氟哌酸仍然有效,且仅有喹诺酮类抗生素对生长缓慢的致病菌有效。因为喹诺酮类抗生素对革兰阳性球菌和厌氧菌的效果较差,所以不建议单独使用。