由于患者人群和诊断方法的差异,不同作者报道的医院获得性肺炎的致病菌也有所不同。然而,总的来说,细菌仍然是最为常见的致病菌(表15)。 Schaberg等人报道,1986~1989年的所有分离菌株中,需氧细菌至少占73%,真菌占4%,厌氧菌、军团菌和病毒极少,这可能与上述致病菌的特殊检查在医院中并非常规进行有关。另一方面,大多数资料是依据痰培养的结果,其可靠程度不一。医院获得性细菌性肺炎常为多种致病菌所致,革兰阴性杆菌是主要的致病菌,其中铜绿假单胞菌是最为常见的致病菌。然而,金黄色葡萄球菌尤其是耐苯唑青霉素的金黄色葡萄球菌(MRSA)和其它革兰阳性球菌如肺炎链球菌也逐渐成为重要的致病菌。在接受机械通气的患者,嗜血流感杆菌也是常见的致病菌之一。有些研究发现,一些革兰阴性杆菌的分离有明显的季节性,如不动杆菌属在夏季和初秋分离最多,而克虏伯菌属肠杆菌属、沙雷菌属和铜绿假单胞菌在夏末最为多见。19861989年间NNIS的资料显示,医院获得性肺炎的致病菌中,肠杆菌科细菌占首位(32%),铜绿假单胞菌(17%)和金黄色葡萄球菌(16%)分列第二和第三位,进一步的变化尚有待流行病学调查。

厌氧菌在医院获得性肺炎中的重要性尚不明确。不同作者报道厌氧菌的比例7%~35%不等。由于目前用于治疗医院获得性肺炎的抗生素大多对厌氧菌的效果较差,厌氧菌的感染更应得到应有的重视。军团菌属和病毒感染的发生率尚缺乏确切的数据,但其重要性也越来越得到关注。其它一些少见的致病菌如奴卡菌属、分枝杆菌属(包括不典型分枝杆菌)、衣原体、曲霉菌属和其它真菌、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒或水痘病毒、卡氏肺囊虫及弓形虫等,在免疫功能低下的患者尤其应该注意,但上述病原体的感染很少是在医院获得的。