婴儿一出生，首次暴露在微生物中之后，生命就开始受到无休止的围攻。各种细菌、病毒和真菌将它们的**开拓进入类的皮肤、眼睛、肺、胃肠道等每一处暴露的器官。瑞尔曼说：“在面对病原体时，我们必须克服‘一种细菌一种病’的整体一维视角，菌群才是研究单位。”
　　人类细胞和他们的微生物搭档作为一种互相促进的“超级有机体”，各自都为对方提供了服务。美国国家卫生研究院2007年末开始了一项为期5年的人类微生物组计划(HMP)，致力于给人类庞大的微生物组测序。项目主管丽塔?普罗科特说：“要真正理解我们作为一个有机体的功能，需要包括人体的整个微生物群落，它们与我们的健康和生命息息相关，工作量比人类基因组还要大100倍。”今年研究人员完成了取自人体不同部位的178种微生物基因组的测序和分析，发现其基因编码含有超过3万种蛋白质。
　　尽管生态微生物学提供了一个框架来理解人类微生物群落，但它的所有方法和原则，离临床应用都还有一定距离。即使研究人员找到了某种细菌和某种疾病之间的确切联系，也没办法通过清除一种细菌或引入另一种细菌的方法来控制细菌群落。抗生素倾向于杀死相关的细菌，而不能杀死一个菌群，更无法产生菌群或移植它们。