生态微生物学与人体微生物学交叉
　　瑞尔曼和其他研究人员在过去5年里建立了人类微生物群落的遗传目录：哪种微生物生活在哪儿。数百种互相作用、互相促进的物种，生活在每个人的体表和体内，每个人的微生物群落之间还有重叠。
　　研究人员想知道在人体环境中，微生物在免疫功能、营养、药物代谢方面，以及糖尿病、癌症、孤独症和多倍体硬化症等疾病中的作用。为了进行这些研究，他们必须进行大量的基因测序，分析群落里有哪些微生物，在一天之中它们如何变化，一生或饮食变化之后如何变化，某种微生物、微生物联合以及微生物代谢物都有哪些功能等。
　　生态微生物学家给人类微生物界带来了生态原则：殖民、继承、回弹、两个群体间的竞争与合作等。“科学问题确实存在交叉。”班菲尔德说：“比如殖民是指细菌首次到达居住地开始群体进化，这是一种生态上的连续性。当你看到一个酸矿废水池塘的表面，想像一下最初的有机物种怎样到达那里，同样可以想象新生婴儿，最初如何被细菌入侵的。”
　　生态微生物学家开始研究人类肠道、皮肤、口腔及其他微生物群落，他们已经走出了土壤、海洋、有毒废场等环境微生物领域。
　　生态微生物原则离临床应用尚有距离