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未来医生的必修课:菌群生态(2)

2010-12-09 13:43 阅读:3232 来源:中新网 作者:水**南 责任编辑:水北天南
[导读] 菌群生态或称为未来医生的必修课,尽管生态微生物学提供了一个框架来理解人类微生物群落,但它的所有方法和原则,离临床应用都还有一定距离

  另一位合作者是戴维?瑞尔曼,在加利福尼亚斯坦福大学研究人体微生物群落。班菲尔德和研究小组开发了一种技术,能从大量微生物DNA序列碎片识别出它们的属系和品种,用软件来分析各菌种的身份特征、新陈代谢及功能,以揭示菌群的生化过程。对比之下,当前通行的16S核糖体RNA基因测序和一些自动化生物信息分析难于显示相近微生物属种间的不同,很难揭示一些细微的基因重排。
  但这种方法只能用来分析简单的群落,比如理查曼德矿带,其最大数量的菌种占了整个群体的40%。而成人肠道含有数百种微生物,数量最大的菌种只占4%。“但我们的研究并非不可进行。”瑞尔曼说,他想同样细致地分析人体微生物,早产婴儿是实验班菲尔德技术的最佳对象。每个早产新生儿体内菌种只有12种左右,与酸矿废水相当,加强护理病房制造了一个无菌的、高度控制的环境来研究它们。
  3人在一年前开始了合作,把班菲尔德的技术用在了早产新生儿身上,他们集中于健康婴儿。莫罗维茨每天采集新生儿粪便样本,分离DNA送到高通量测序中心,将数据发给班菲尔德和瑞尔曼;瑞尔曼用16S测序做菌种和数量普查;班菲尔德选择一些节点作更详细测序,分析种类和基因情况。
  他们研究了孕28周早产婴儿在前三周里的生命情况,追踪了微生物群在种类数量上详细快速的变化,以查找是否存在某种特殊的细菌或菌群与NEC有关,并协助预测哪种婴儿容易染病,进而找出预防办法。进一步,他们希望绘制出新生儿肠道菌群的简化模型,将这些生态原则扩展应用到人类的微生物系统中。

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