中医学在其形成发展的历史过程中，融合了大量的中国传统文化的内容，许多哲学流派、经学流派，无不在中医学的历史上留下痕迹；中医学形成和发展，处于宏观认识客观事物的知识背景和氛围、故只能呈现宏观优势和微观劣势；中医学的临床疗效与医生个人的思维技巧及能力密切相关；中、西医药的认识研究方法不同，形成了医学药学的两大流派。

    认识基础不同

    中医是建立在形象思维基础之上，像“象形文字”一样，采用“三维空间”思维，上至宏观天体运行、地理环境（**，五运六气学说）；中至人体系统（脏腑等学说）；下至微观“宇宙统一场”“人体生物场”（五运六气，经络学说），利用人体的直觉、体验找出三个系统之间的内在联系，并在此基础上建立了防病治病学说。

    西医发展建立在形式逻辑基础之上，采用“二维空间”思维，利用抽象思维和试验，建立了对人体局部功能，病因和治疗方法的认识。

    观察方法不同

    中药则是通过人体直接“感悟”，对“宇宙统一场”“人体生物场”及微观物质“气”有所认识，并建立了与宏观天体、人体有形系统、动植物等药物在内联系基础上的经验总结。西医药是利用解剖、分解、分析等方法在显微镜下观察微观物质的经验总结。

    中西药功效认识途径不同

    中药是“神农尝百草”开始的，不仅体验对局部疾病疗效的认识，也体验了对人体整体阴阳平衡的作用，建立既考虑局部治疗功效，又考虑整体平衡的“君臣佐使”的中医药理论体系。

    而西药功效是从实验室开始通过动物试验，临床观察取得对局部疾病治疗作用的认识。

    中西医药认识过程不同

    中医发展强调“无为”，尽量不用主观影响客观。是一个从客观经验累积到主观结论总结的过程。西医发展是与西方科学技术发展同步的，是先设立“假说”，通过推理、试验、验证“假说”成立，得出结论，是一个从主观判断到客观检验的过程。