泻是使用抗生素的常见并发症;其严重程度和临床过程差多数医院获得性腹泻的致病菌并不明确;那些能够确定病菌的腹泻常常由难辨梭状芽孢杆菌( Clostridium difficile起。如果现有检查无法确定致病菌,则称为原因不明。
(1)难辨梭状芽孢杆菌:概言之,粪便标本中难辨梭状芽孢杆菌毒素A或B检验阳性,提示这种细菌是抗生素相关性腹泻的病原菌。但是,许多实验室资料显示,仅10%~25%的病例，难辨梭状芽孢杆菌毒素检测呈阳性结果。这表明在多数抗生素相关性腹泻,病原菌不明。
(2)其它微生物病原菌:某些抗生素相关性腹泻的病例尤其它肠道致病菌引起,如:①沙门菌( Salmonella):沙门菌属的细菌较少引起抗生素相关性腹泻。而且,沙门菌在粪便培养中很容易检测;②产气荚膜杆菌( Clostridium perfringens):偶尔致病菌为产肠道毒素的产气荚膜杆菌,约占抗生素相关性腹泻的1.5%。但多数医院的实验室不具备检测产气荚膜杆菌的技术而且也缺乏相应的治疗措施;③白色念珠菌( Candida albicans)80%的接受抗生素治疗患者的粪便中可以分离出这种微生物,因此它在导致腹泻方面的作用尚存在很大争议。一项有关抗生素相关性腹泻患者的研究发现,患者粪便中念珠菌属的浓度很高,而且对新霉素的治疗反应很好。但是,其它研究并未得到类似结果;④金黄色葡萄球菌( Staphylococcus aureus):这种微生物曾被认为是伪膜性肠炎的致病菌,因此口服万古霉素成为经典的治疗选择。目前,多数研究者发现,1950年前后有关金黄色葡萄球菌的报导仅仅反应当时的一种观点,即金黄色葡萄球菌是院内感染的重要致病菌。因此,万古霉素虽然是治疗抗生素相关性腹泻的正确药物,但最初选择万古霉素的原因却是错误的。(3)非感染性病因:值得指出的是,患者经常由于接受其它药物或肠道喂养而发生腹泻。同时,腹泻也可能由胃肠道的原发疾病引起。
(4)相关抗生素:患者在接受抗生素治疗2周内发生腹泻时,应当怀疑为难辨梭状芽孢杆菌引起的肠道疾患。几乎所有的抗生素均可引起这种医源性并发症,但是最常引起腹泻的三种抗生素为氯林可霉素、氨苄青霉素和头孢菌素。
使用氯林可霉素后,抗生素相关性腹泻的患病率为6%。在医院中,头孢菌素是最常见引起腹泻的原因,这与它们的广泛应用是密切相关的。