美国DanielMaluf等通过肝硬化组织（非HCC）表观遗传学，基因表达和蛋白质组学的整合研究方法对与肝硬化组织发生相关的早期事件进行了研究。
 

    该研究对76份肝组织活检标本进行了检测，包括正常组（n=20）、丙肝肝硬化不伴肝癌组（wo肝细胞肝癌=16）和伴肝癌组（w肝细胞肝癌=20）、肝癌组（肿瘤组织n=20）以及20份血浆标本（wo肝细胞肝癌=10,w肝细胞肝癌=10）。研究者提取了标本DNA和总RNA,分别用于IlluminaGoldenGateMethylationBeadArrayCancerPanelI和基因表达微阵列杂交；通过LC-MS/MS进行蛋白质组学分析；采用两样本t检验分析基因表达和甲基化的比较（w肝细胞肝癌与wo肝细胞肝癌）；通过使用控制FDR<0.2的q值方法计算错误发现率来调整P值进行多重比较，P<0.01为有统计学意义；使用Spearman秩相关进行甲基化/基因表达的比较；使用IPA工具进行本体论和通路分析。

    研究发现各组间人口统计学和临床参数无显著性差异。通过对正常、丙肝肝硬化以及肝细胞肝癌标本分析，研究者共鉴定出501个CpG位点甲基化有显著差异（235个高甲基化，266个低甲基化）。抑癌基因启动子区域的30个高甲基化CpG位点与肝细胞肝癌发生相关。甲基化水平最高的10个基因中，ESR1、MFAP4和HOXB13差异最显著。ESR1基因的甲基化百分比与基因表达水平（-0.50）的负相关性最强。参与肝细胞肝癌发生的几个基因DNA甲基化和表达率（CDNK2A、FLT1、HGF、HPSE、MGMT、PDGFRB和PYC**）也有显著负相关趋势，表明在丙肝肝硬化伴发肝癌中下调。通路和表达趋势分析显示这些基因与癌症和恶性肿瘤的发生、肝排毒、肝纤维化/瘢痕修复有关。蛋白质组学整合分析发现，ESR1是调节肝细胞肝癌相关血浆蛋白显著性差异化表达的最强信号分子。标志物使用methyLight检测进行验证。

    该研究表明，表观遗传/转录组/蛋白质组的整合数据可提供影响丙型肝炎肝硬化组织发生肝细胞肝癌的关键分子通路。此外，不同的DNA甲基化模式可作为监测高风险丙型肝炎肝硬化患者发生肝癌的潜在生物标志物。T1期肝细胞肝癌肿瘤生长至T2期，