4月23日，卫计委公布2012年部门预算。2012年，卫计委收支总预算8019536.97万元，比2011年增加1331725.63万元。部门预算中，财政拨款用于以下方面：外交类支出占5.04%；教育类支出占2.76%；科学技术类支出占31.79%；社会保障和就业类支出占5.97%；医疗卫生类支出占38.07%。

    卫计委称，2012年收支预算增加的主要原因包括：中央财政大幅加大教育单位支持力度，教育类预算增加23616.46万元；根据科技重大专项和卫生行业科研等研究工作需要，科研类预算增加172639.78万元；因为中央财政继续加大对医疗卫生的投入和医疗服务量的增加，医疗卫生类预算增加1098936.76万元；因人员增加和计算基数提高，住房改革支出类预算增加42129.64万元。

    2012 年，卫计委公共预算收入（主要为财政拨款和事业收入）8019536.97万元，公共预算支出7966112.4万元。医疗卫生（类）公立医院（款）财政拨款预算数为326111.26万元，比2011年财政拨款执行数增加46827.42万元，增长16.77%，主要原因是：按照医改投入政策，中央财政加大对公立医院临床重点专科建设的支持力度。医疗卫生（类）公立医院（款）是指卫计委所属医院开展医疗业务活动等方面支出。