难辨梭状芽孢杆菌相关性腹泻和结肠炎的解剖学特点已经通过内窥镜检查得以广泛研究。通常乙状结肠镜检查即可明确,但近1/3的患者仅有右半结肠受累,因此需要进行纤维结肠镜检查。1974年 Tedesco及其同事的研究明确了内窥镜检查在诊断抗生素相关性腹泻方面的作用。在使用氯林可霉素的200名患者中,42人(21%)发生腹泻,结肠镜检查发现20人(10%)有伪膜性肠炎。
直至1978年,难辨梭状芽孢杆菌在伪膜性肠炎发病过程中的作用得以明确,而且组织培养分析已经成为首选的诊断方法因而对于内窥镜检查的需求之间减少。与内窥镜检查相比,组织培养分析较为便宜,且无痛苦;而且还能提供信息帮助医生区分腹泻的原因。因此,如果临床症状持续存在,难辨梭状芽孢杆菌毒素分析阳性,无论内窥镜检查结果如何,患者需要接受特异性抗生素治疗。