【PDF】生物信息学与功能基因组学-电子书下载 - 医学资源下载
资源作者：gogoyingying
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生物信息学与功能基因组学-电子书下载 作者：（美）乔纳森·佩夫斯纳 出版社：化学工业出版社 出版日期：2006-06 ISBN：9787502583835 版次：1 页数：706 字数： 开本：16开 包装：平装 生物信息学与功能基因组学-电子书下载 翻开《生物信息学与功能基因组学》，您将会情不自禁地沉浸于其中……《生物信息学与功能基因组学》内容全面，很好地将生物信息学与功能基因组学的理论和实践应用结合起来，非常重视生物信息学的具体应用技巧。另外，《生物信息学与功能基因组学》还具有如下特色：作者权威。《生物信息学与功能基因组学》作者是霍普金斯医学院教授，在国际上有很高的声誉和权威性。实践性强。每一章都有问题集、与生物信息学有关的web操作训练以及相应的web链接，还列出了可以免费获取的生物信息学软件和作者推荐的读物。范例典型。 编辑推荐 《生物信息学与功能基因组学》从头到尾都用一个基因和它的蛋白产物作为例子进行讲解。这个蛋白是视黄醇结合蛋白(retinol-binding protein，RBP)。图文并茂。《生物信息学与功能基因组学》在论述的同时配以大量的图片，直观、形象、通俗易懂。 目录 第1篇　数据库中的DNA、RNA和蛋白质序列的分析生物信息学与功能基因组学-电子书下载 第1章　绪言 1.1本书的结构 1.2生物信息学：蓝图 1.3一个贯穿本书的例子：视黄醇结合蛋白 1.4章节的组织 1.5对学生和教师的建议：Web练习和找基因 1.6重要的生物信息学网址 1.7推荐读物 参考文献 第2章　获取序列数据和文献信息 2.1生物学数据库介绍 2.2GenBank：收录几乎所有已知的核酸和蛋白质序列的数据库 2.2.1序列数据的总量 2.2.2GenBank中的物种数 2.2.3GenBank存储的数据类型 2.2.4表达序列标签 (ESTs) 2.2.5序列标签位点 (STS) 2.2.6基因组测序序列 (GSSs) 2.2.7高通量基因组序列 (HTGS) 2.3美国国家生物技术信息中心 (NCBI) 2.3.1NCBI的介绍：NCBI的主页 2.3.2索引号码：识别序列的标签 2.3.3五种获取DNA和蛋白质序列的方法 2.3.4如何进入序列数据的例子：HIV pol 2.3.5获取生物医学文献 2.4展望 2.5常见问题 2.6网络资源生物信息学与功能基因组学-电子书下载 2.7讨论题 2.8习题 2.9自测题 2.10推荐读物 参考文献 第3章　双序列比对 3.1引言 3.1.1蛋白质比对：通常比DNA比对具有更丰富的信息 3.1.2同源性、相似性、一致性的概念 3.1.3间隙 3.1.4双序列比对、同源和生命的进化 3.2Dayhoff模型：可接受点突变 3.2.1PAM1矩阵 3.2.2PAM250和其他PAM矩阵 3.2.3从突变概率矩阵到对数比值打分矩阵 3.2.4双序列比对中PAM矩阵的实际有用性 3.2.5PAM矩阵的重要替代者：BLOSUM打分矩阵 3.2.6双序列比对和检测限度 3.3比对算法：全局和局部 3.3.1全局序列比对：Needleman?Wunsch算法 3.3.2局部序列比对：Smith?Waterman算法 3.3.3Smith?Waterman算法的快速、启发式版本：FASTA和BLAST 3.3.4局部比对搜索工具 (BLAST) 3.4双序列比对的显著性：一致性百分比 3.4.1双序列比对统计显著性检验 3.4.2全局比对的统计显著性 3.4.3局部比对的统计显著性 3.5展望 3.6常见问题 3.7网络资源 3.8问题讨论 3.9问题 3.10自测题 3.11推荐读物生物信息学与功能基因组学-电子书下载 参考文献 第4章　局部比对搜索基本工具BLAST 4.1引言 4.2BLAST搜索步骤 4.2.1步骤1：选定感兴趣的序列 4.2.2步骤2：选择BLAST程序 4.2.3步骤3：选择数据库 4.2.4步骤4：选择参数 4.3BLAST算法使用局部比对搜索的策略 4.3.1BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸 4.3.2BLAST算法：局部比对搜索的统计学和 E值 4.3.3用比特分数来说明原始分数的意义 4.3.4BLAST算法：E值与 P值间的关系 4.3.5BLAST中的空位比对 4.3.6将BLAST搜索进行到底 4.4BLAST搜索的一些策略 4.4.1一般性概念 4.4.2BLAST搜索的原则 4.5多结构域蛋白 (HIV?1 pol) 的BLAST检索 4.6BLAST检索脂质运载蛋白：改变打分矩阵的作用 4.7展望 4.8常见问题 4.9网络资源 4.10讨论题 4.11问题 4.12自测题 4.13推荐读物 参考文献 第5章　高级比对搜索 5.1引言生物信息学与功能基因组学-电子书下载 5.2专门的Blast比对网站 5.2.1基于某些具体生物的比对网站 5.2.2特定分子的比对搜索站点 5.2.3专门的比对搜索服务器以及比对相关的算法 5.3运用比对相似的工具快速地搜索基因组DNA序列 5.4寻找远缘相关的蛋白质：位点特异性反复比对 (PSI?BLAST) 5.4.1位点特异性反复比对的结果评估 5.4.2位点特异性反复比对的错误：破坏的问题 5.5模式识别BLAST (PHI?BLAST) 5.6用BLAST来发现新基因 5.7展望 5.8常见问题 5.9网络资源 5.10问题讨论 5.11问题 5.12自测题 5.13推荐读物 参考文献 第2篇　RNA和蛋白质的基因组层次上的分析 第6章　基因表达的生物信息学方法 6.1引言 6.2mRNA：基因表达的研究对象 6.3cDNA文库的基因表达分析 6.3.1用cDNA文库解释表达数据的注意事项 6.3.2TIGR基因索引 6.4基因表达系列分析 6.5微阵列：基因表达的全基因组测量 6.5.1第一阶段：微阵列的实验设计 6.5.2第二阶段：RNA的制备与探针制备 6.5.3第三阶段：将标记后的样本和DNA微阵列杂交 6.5.4第四阶段：图像分析 6.5.5第五阶段：数据分析 6.5.6第六阶段：生物学证实 6.5.7第七阶段：微阵列数据库 6.5.8第八阶段：深入分析 6.6展望 6.7常见问题 6.8网络资源 6.9问题讨论 6.10习题 6.11自测题 6.12推荐读物 参考文献 第7章　基因表达：芯片数据分析 7.1引言 7.2芯片数据分析：预处理 7.2.1全局归一化 7.2.2散点分析 7.2.3数据全局归一化中的局部归一化 7.3芯片数据分析：推测统计学方法 7.4芯片数据分析：记述统计学方法 7.4.1芯片数据的层级聚类分析 7.4.2分离方法用于聚类：k均值聚类 7.4.3聚类策略：自组织图 7.4.4主成分分析算法：芯片数据的观察算法 7.4.5监督算法对芯片实验中基因或样本数据的分类 7.4.6芯片数据注释 7.5展望 7.6常见问题 7.7网络资源 7.8问题讨论 7.9问题 7.10自测题 7.11推荐读物 参考文献 第8章　蛋白质分析和蛋白质组学 8.1引言 8.2如何认识蛋白质：从四个视角看蛋白质 8.2.1视角1.结构域和模体：蛋白质的模块性质 8.2.2多结构域蛋白的复杂性 8.2.3蛋白质模式：模体或蛋白质的指纹特征 8.2.4视角2.蛋白质的物理性质 8.2.5视角3和视角4的介绍：Gene Ontology协会 8.2.6视角3.蛋白质定位 8.2.7视角4.蛋白质的功能 8.3蛋白质组学：对高通量蛋白质数据进行分析的生物信息学工具和方法 8.3.1二维凝胶电泳 8.3.2亲和层析和质谱 8.3.3酵母双杂交系统 8.3.4Rosetta Stone方法 8.4分析细胞通路的生物信息学方法 8.5展望 8.6常见问题 8.7网络资源 8.8问题讨论 8.9问题 8.10自测题 8.11推荐读物 参考文献 第9章　蛋白质结构 9.1蛋白质结构与结构基因组学概要 9.1.1蛋白质结构，同源和功能基因组学 9.1.2结构基因组学提出的问题：载脂蛋白家族 9.1.3蛋白质结构的基本原理：从一级结构到二级结构 9.1.4蛋白质三级结构：蛋白质折叠问题 9.1.5获得蛋白质结构的实验手段 9.1.6选择目标与获得蛋白质的三维构象 9.2PDB数据库 9.2.1在NCBI访问PDB记录 9.2.2蛋白折叠类型概况 9.3用于结构研究的计算生物学方法 9.3.1同源 (比较) 模建 9.3.2从头预测 9.4蛋白质结构预测和蛋白质折叠空间的界限 9.5蛋白质结构与疾病 9.6展望 9.7常见问题 9.8网络资源 9.9问题讨论 9.10问题 9.11自测题 9.12推荐读物 参考文献 第10　章多序列比对 10.1引言 10.1.1多序列比对的定义 10.1.2多序列比对的典型应用和实际策略 10.1.3Feng和Doolittle的渐进比对方法 10.1.4从多序列比对到隐马模型 10.2两种多序列比对的程序 10.2.1多序列比对的数据库 10.2.2由用户产生的多序列比对 10.2.3其他多序列比对软件 10.2.4多重比对算法的评估 10.3展望 10.4常见问题 10.5网络资源 10.6问题讨论 10.7问题 10.8自测题 10.9推荐读物 参考文献 第11章　分子水平的系统发生和进化 11.1分子水平的进化介绍 11.1.1历史背景 11.1.2分子时钟假说 11.1.3分子进化中的“不确定性理论” 11.1.4分子系统演化的目标 11.2分子系统发生：系统发生树相关专用名词 11.2.1树根 11.2.2枚举树 11.2.3物种树和基因/蛋白质树 11.3系统发生分析的4个步骤 11.3.1第一步：利用DNA、RNA或蛋白质序列来进行分子系统发生分析 11.3.2第二步：多重序列比对 11.3.3第三步：构建系统发生树的方法 11.3.4第四步：用随机测试和引导检测的方法评估进化树 11.4展望 11.5常见问题 11.6网络资源 11.7问题讨论 11.8问题 11.9自测题 11.10推荐读物 参考文献 第3篇　基因组分析 第12章　全基因组和系统发生树 12.1引言 12.2系统分类学简史 12.3地球上生命形式的生物发展史 12.4系统发生树的分子序列基础 12.5生物信息学在系统分类学中的角色 12.6基因组测序计划 12.7基因组测序计划的简要年表 12.7.1总览：1977年～现在 12.7.2第一个病毒基因组 (1977年) 12.7.3第一个真核细胞器基因组 (1981年) 12.7.4第一个叶绿体基因组 (1986年) 12.7.5第一个真核染色体 (1992年) 12.7.6独立生存的生物体的全基因组 (1995年) 12.7.7第一个真核基因组 (1996年) 12.7.8更多的细菌和古细菌 (1997年) 12.7.9第一个多细胞生物的基因组 (1998年) 12.7.10人类染色体 (1999年) 12.7.11蝇、植物和人类21号染色体 (2000年) 12.7.12人类基因组序列的草图 (2001年) 12.7.13基因组测序的不断完成 (2002年) 12.8基因组分析总览 12.8.1选择用

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