肠道菌群中的变化被与自体免疫疾病的发展联系在一起，但其间的因果关系却很难被证明。一项研究如今确定了肠道细菌普氏菌（Prevotella copri）在风湿性关节炎（一种最常见自体免疫疾病）的发病机理中的潜在作用。

　　风湿性关节炎的特征是关节炎症，并且关节炎动物模型已经表明，肠道菌群能够在已经存在自身免疫的前提下触发这种炎症。为了研究肠道菌群在疾病发展中所扮演的角色，Scher等人利用16S rRNA测序从而分析了未经治疗的病人——新发风湿性关节炎（NORA）——的排泄物微生物，同时将这些数据与慢性、已接受治疗病人和健康受试者的测序数据进行了比较。与其他受试组相比，NORA病人拥有过多的普氏菌，而许许多多被认为对于维持肠道平衡（例如拟杆菌和集群十四梭状芽胞杆菌）非常重要的其他细菌却在减少。

　　更多的分析表明，普氏菌OTU4是NORA病人中最普遍的分类，而全基因组测序显示，普氏菌OTU4和普氏菌一样。有趣的是，与NORA相关的普氏菌基因组包含了几种ORF，后者被发现在之前测序的来自健康个体的普氏菌基因组中要少见得多；这些ORF中的两种编码了一种铁传输因子的成分，这种因子已知是其他细菌中的毒力因子。此外，与控制健康微生物区（例如拟杆菌）的细菌不同，普氏菌编码了一种超氧化物还原酶和一种phosphoadenosine phosphosulphate还原酶。这两种基因或许通过增加普氏菌对于源自宿主的活性氧类的抗性，以及通过产生氧化还原蛋白硫氧还蛋白——之前被描述为风湿性关节炎的一种致病因素，从而有助于开发和维持肠道炎症。一种结肠炎小鼠模型更进一步支持了普氏菌的促炎作用：与被克隆了共生的多形拟杆菌的小鼠相比，被克隆了普氏菌的小鼠表现出了增强的上皮炎症，以及体重的下降。

　　总的来看，这些数据表明普氏菌在促炎环境中很旺盛，并甚至增加了炎症的自身优势，但还需要更多的工作以确定是否普氏菌有助于风湿性关节炎的发展。有趣的是，缺乏已知的风湿性关节炎危险等位基因的NORA病人，与携带这些基因的人相比，具有一种普氏菌的更高的相对丰度，而这意味着在具有遗传危险性的个体中，较少的细菌就足以引发疾病。